Dopo il motu proprio granducale del 1783, che la incorporava nella nuova Accademia Fiorentina, l’Accademia della Crusca cessò di esistere: le collezioni librarie accumulate in secoli di attività dell’istituzione confluirono nella Biblioteca Magliabechiana, ove l’Accademia Fiorentina aveva sede. Quando la Crusca fu ricostituita ventotto anni più tardi, con il decreto napoleonico del 19 gennaio 1811, la Magliabechiana trattenne i manoscritti depositati, tuttora conservati in Nazionale Centrale. Restituzioni di materiali si ebbero in due distinte fasi, nel 1856 e nel 1870, ma entrambe riguardarono pressoché esclusivamente carte d’archivio, documenti di interesse storico dell’Accademia e studi per il lavoro lessicografico. Le sole unità dell’attuale Raccolta Manoscritti che risultano rientrate dalla Magliabechiana sono i mss. 96, 117, 118 (nel 1856) e 116 (1870).

Ma la ripresa delle attività dell’Accademia e dei lavori per il Vocabolario non poteva prescindere dalla formazione di un nuovo fondo librario. Già negli anni 1812-1813 la Crusca partecipò attivamente alle trattative per l’acquisto, da parte del Comune di Firenze, della Biblioteca privata Riccardiana. Così, per tutto il XIX secolo, si provvide al reperimento di codici antichi all’asta o presso librerie dell’antiquariato di Firenze. Fra le acquisizioni considerevoli, si ricordano quella del 1877, presso i librai Franchi e Menozzi, dei manoscritti già di proprietà dell’Accademico Francesco Tassi, fra cui l’originale di Benedetto Varchi dei Sonetti contro gli Ugonotti e la Lezione del Battiloro con le postille autografe di Carlo Dati (mss. 58, 59, 60, 61 e 63); quella dello stesso anno, ancora presso il libraio Franchi, di tre codici di materia cavalleresca, una Storia di Aiolfo del XV sec. e due esemplari moderni (mss. 64, 65, 66); l’acquisto nel 1885 all’asta libraria Franchi & C. di alcune scritture di interesse dell’Accademia o prodotte al suo interno, appartenute a Alamanno Salviati, poi passate al pittore Giuseppe Bossi, quindi a Guglielmo Libri (mss. 78-86); una raccolta di sei orazioni e cicalate di Accademici comperata nel 1895 presso il libraio Cecchi (mss. 138-143).

Persino più rilevanti furono le acquisizioni provenienti da lasciti e donazioni di Accademici e collaboratori. Le carte di Giuseppe Giusti con i suoi studi danteschi e paremiografici (mss. 29-30), alla morte del letterato lasciate a Gino Capponi, furono donate da questi alla Crusca nel 1853. Cinquant’anni dopo, particolare cura fu impiegata per ottenere la Raccolta Bartoliniana (prima nota come ‘codice Rezzi’, ora ms. 53). Dopo che il Masserà ebbe ritrovato il celebre codice presso Giuseppe Cugnoni, alla morte di quest’ultimo, nel 1908, esso rimase fra le sue carte: contesa da Accademia dei Lincei, cui erano giunte le carte Rezzi, e Crusca, per alcuni anni sembrò che la Raccolta fosse andata nuovamente smarrita, fino a quando, ritrovata dagli eredi Cugnoni – con l’esplicita disposizione in favore della Crusca sulla controguardia anteriore – fu consegnata all’Accademia e presentata nell’Adunanza del 16 aprile 1912. Infine il ‘codice Bardi’ dei volgarizzamenti ovidiani, Citato di tutte le cinque Edizioni del Vocabolario, nel XVII secolo dell’Accademico Piero de’ Bardi, poi sempre rimasto presso la famiglia Bardi-Serzelli, fu donato dal conte Alberto Bardi-Serzelli all’Accademia nel 1954, unico codice della Raccolta attuale già fra i Citati della Prima Crusca (ms. 110).

Nel frattempo, manoscritti moderni venivano realizzati su commissione della Crusca stessa, trascritti da codici medievali di biblioteche italiane e estere, in funzione dei lavori per la Quinta Edizione del Vocabolario. A ciò si aggiungevano autografi di opere letterarie e linguistiche contemporanee, che gli autori spontaneamente donavano all’Accademia, mossi, non senza velleità, dal prestigio dell’Istituzione e dal ruolo ‘civile’ riconosciuto alla sua attività di valorizzazione della lingua.

Tramite queste varie modalità, una Raccolta Manoscritti fu lentamente ricostituita ex novo. Già nel 1886 il copista dell’Accademia Trofimo Querci era stato incaricato di redigere un catalogo dei codici dell’Accademia, in cui registrò novanta unità. Fu solo molti anni dopo che Severina Parodi provvide al riordinamento moderno della Raccolta. Ritrovato il catalogo di Querci nel 1974, sulla base di questo isolò dal resto dell’Archivio storico i Manoscritti propriamente detti. Ai codd. 1-90 del catalogo Querci furono restituite queste segnature, e il catalogo stesso fu segnato 90bis; a seguire, si aggiungevano in ordine progressivo con le cifre 91 sgg. le nuove acquisizioni e alcuni altri esemplari che, prelevati dall’Archivio, venivano ritenuti manoscritti ‘letterari’, secondo un criterio non sempre coerente e tendenzialmente inclusivo. Nel 1983, in occasione del quarto Centenario della fondazione dell’Accademia, tale riordinamento era già portato a termine, e le unità che formavano la Raccolta erano dichiarate 147, quelle stesse che, con minime aggiunte successive, costituiscono l’attuale Fondo Principale.